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員工出差過程中發(fā)生的相關(guān)費用與差旅費補助是兩個概念。員工出差過程中發(fā)生的相關(guān)費用屬于與企業(yè)經(jīng)營相關(guān)的費用，如員工墊付費用，企業(yè)可以根據(jù)實際情況報銷，同時根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》及其實施條例的規(guī)定，企業(yè)發(fā)生的與取得收入直接相關(guān)的、符合生產(chǎn)經(jīng)營常規(guī)的必要和正常的支出，準(zhǔn)予在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。企業(yè)所得稅稅前扣除應(yīng)符合三個基本原則：真實性、相關(guān)性、合理性。真實性是稅前扣除的首要原則，要求納稅人提供證明支出確屬實際發(fā)生的合法、有效憑證。

企業(yè)支付給員工的差旅費補助是對員工的額外現(xiàn)金補助，屬于工資、薪金的一部分。關(guān)于差旅費補助的標(biāo)準(zhǔn)由財政部門制定，目前對企業(yè)無具體標(biāo)準(zhǔn)，僅對中央和國家機關(guān)以及參照公務(wù)員法管理的事業(yè)單位有明確的規(guī)定，具體內(nèi)容請參見《中央和國家機關(guān)差旅費管理辦法》（財行[2013]531號）。因此，對于行政事業(yè)單位按照財行[2013]531號文件規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)，發(fā)放給出差人員的差旅費包干補助，可按《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)征收個人所得稅若干問題的規(guī)定的通知》（國稅發(fā)[1994]089號）第二條的規(guī)定，不予征收個人所得稅，超過標(biāo)準(zhǔn)的部分，應(yīng)并入職工當(dāng)月工資計征個人所得稅。