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醫(yī)學院臨床醫(yī)學專業(yè)是醫(yī)學院創(chuàng)辦最早的專業(yè)，于1978年開始招生。該專業(yè)在聯(lián)合國世界衛(wèi)生組織(WHO)注冊，畢業(yè)生可直接申請參加世界各國的臨床醫(yī)生執(zhí)業(yè)注冊考試。約50%的學生來自香港、澳門、臺灣和海外華僑。30多年來臨床醫(yī)學專業(yè)培養(yǎng)出本科畢業(yè)生3000多人。近4年來我校臨床醫(yī)學專業(yè)的學生參加全國臨床醫(yī)學技能大賽3次榮獲3等獎，而且以張漢明、李展?jié)櫟葹榇淼漠厴I(yè)生已成為港澳地區(qū)杰出的醫(yī)學人才。近年來畢業(yè)生一次性就業(yè)率85%以上，除石牌校區(qū)本部班外，2010年本專業(yè)在附屬深圳醫(yī)院(深圳人民醫(yī)院)舉辦了深圳班，2011年又與廣東省第二人民醫(yī)院合作舉辦了省二醫(yī)班。

在建系初期，引進了一大批全國知名的專家和學者，如：羅潛、李楚杰、任邦哲、何凱宣、鄺公道、朱師晦、郁知非、張愛誠、李辰和黃愛廉等。經(jīng)過多年的建設，目前已形成“學士-碩士-博士-博士后”完整的高等醫(yī)學人才培養(yǎng)體系和醫(yī)學科研體系。其中臨床醫(yī)學為一級學科博士點和專業(yè)學位博士點。三級甲等附屬醫(yī)院由1個也發(fā)展到了7個，且擁有3個省部級重點學科(病理學與病理生理學、眼科學、血液病學)、1個省部級重點實驗室(病理生理學實驗室)、2個國家重點專科和5個廣東省醫(yī)學特色專科。2009年臨床醫(yī)學專業(yè)被評為教育部特色專業(yè)，2012年入選首批教育部和衛(wèi)生部卓越醫(yī)生計劃。

臨床醫(yī)學系近幾年來引進了一批海內(nèi)外高層次人才，下屬有9個基礎系(教研室)，教職工108人，其中教師系列具有博士學位的達90%以上，高級職稱達90%，有省級教學名師1人，南粵優(yōu)秀教師2人。

現(xiàn)臨床醫(yī)學系有1門國家級精品課程，3門省級精品課程，12門校級精品課程。近3年獲973課題2項，863子課題1項，國家自然基金重大計劃培育項目1項，國家自然基金項目53項。被SCIE收錄的論文有271篇。主辦的國家級自然科學核心期刊—《中國病理生理雜志》，連續(xù)5年榮獲中國百種杰出學術期刊獎。2011年臨床醫(yī)學專業(yè)進入ESI領域全球排名1%的行列。