水產學院是學校的第一批二級學院之一，辦學歷史可追溯到1935年創辦的廣東省立高級水產職業學校，1997年，湛江水產學院與湛江農業專科學校實行實質性合并成立湛江海洋大學，設立水產學院，2005年，學院隨學校更名為廣東海洋大學水產學院。
學院現設水產養殖系、海洋生物系和海洋漁業與科學技術系，有水產養殖、海洋漁業科學與技術、海洋科學（海洋生物）和生物工程4個本科專業；水產養殖、海洋生物、漁業資源和捕撈學4個碩士授權點及1個農業推廣碩士專業（漁業領域方向）；水產學為一級學科博士授權點。
“水產學”為第九輪廣東省優勢重點學科和“珠江學者”設崗學科；“水產養殖”為廣東省高校名牌專業；“水產養殖”和“海洋漁業科學與技術”為國家級高校特色專業，“海洋科學（海洋生物）”為省級特色專業。《魚類增養殖學》為省級精品課程。水產科學與技術實驗教學中心獲批為國家級實驗教學示范中心；學院擁有包括廣東省水產經濟動物病原生物學及流行病學重點實驗室在內的8個省部（廳）級實驗室（中心）和省級實驗教學示范中心；實驗室總面積14000m2，儀器總值5000余萬元。
學院現有在校本科生1284人，碩士研究生146人。教職工89人，其中正高職稱26人、副高職稱24人；兼職博士生導師8人，碩士生導師38人；46人具有博士學位，占專職教師人數的70%多。“千、百、十”工程國家級培養對象1人，省級培養對象7人，校級培養對象12人。著名水產動物營養學家麥康森院士為“雙聘院士”。
近4年來，主持承擔課題309項，其中國家級項目27項；科研總經費9610萬元。發表論文535篇，其中SCI收錄78篇；獲授權發明專利22項；獲科學技術獎勵35項，其中，“南方對蝦高效養殖技術”、“附殼造型珍珠和優質海水珍珠養殖及加工技術的研究與應用”及“日本囊對蝦和斑節對蝦地膜覆沙池健康養殖技術研究及示范推廣”分別獲得廣東省、海南省科學技術一等獎。
學院同University of Stirling(UK)、University of Florida(USA)、Jams Cook University(AUS)、東京海洋大學、中國海洋大學、臺灣海洋大學、中國科學院水生生物研究所等國內外20多所科研院所在人才培養和科學研究方面的合作，建立長期的學術交流機制。與中水遠洋漁業責任有限公司等企業簽訂了聯合培養人才協議，每年外派海洋漁業科學與技術專業畢業生出國工作。
學院秉承“廣學明德 海納厚為”的校訓精神，立足廣東、面向南海，圍繞現代漁業發展的戰略需求，以提高人才培養質量為根本，以優化師資隊伍為抓手，以提升學科建設水平為主軸，以提高科研水平和協同創新能力為引擎，不斷提升學院核心競爭力和社會影響力。
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