馬克思主義學院前身為中國人民解放軍第一軍醫大學政治理論教研室，具有近60年的發展歷史。2004年8月隨學校移交廣東省后更名為南方醫科大學思想政治理論教研部。2008年7月，成立了廣東省高校唯一的馬克思主義學院。
學院擁有馬克思主義理論一級學科碩士授予權，內設馬克思主義研究院、馬克思主義原理等6個教研室、思想政治教育等5個研究中心。學院承擔的主要任務：一是全校博士生、碩士生、本專科生和成人教育等各層次各專業的思想政治理論課教學與課程建設；二是馬克思主義理論學術研究和學科碩士點的建設；三是培養馬克思主義理論學科專業碩士研究生。
學院現有專任教師36名，其中正副教授16人，碩士導師11人，具有博、碩士學位的老師達90%。擁有全軍和總后優秀教師8人，獲全軍育才獎金獎2人，銀獎3人，南粵優秀教師2人，廣東省高校思政課教學指導委員會副主任委員1人，委員1人。廣東省高校思政課名教師1人、名教師和骨干教師培養對象各1人，廣東省宣傳思想戰線優秀人才“十百千工程”培養對象3人，校級教學名師4人。有6人次擔任廣東省馬克思主義學會、社會學學會、哲學學會、中共黨史學會、精神文明學會、科學社會主義學會副會長、常務理事等學術職務。近5年來，承擔和參與國家、軍隊和省廳級科研課題50余項，教學改革課題18項，獲各類科研獎勵33項，可支配科研經費100余萬元，在《求是》雜志、《哲學研究》 《馬克思主義研究》 《黨建研究》 《光明日報》等權威和一般刊物上共發表論文300余篇，出版學術理論著作18部。
學院開設的主要課程有：《思想道德修養與法律基礎》 《馬克思主義基本原理》 《中國近現代史綱要》 《毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論》《形勢與政策》 《醫學倫理學》 《自然辯證法概論》 《中國特色社會主義理論與實踐研究》 《社會科學方法論》 《馬克思主義經典文選選讀》 《中國馬克思主義與當代》《當代世界政治與經濟》等。學院高度重視教學和課程質量建設，擁有1門省級精品課，4門省級優質課程， 5門校級精品課，擁有廣東省高校《毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論》教學研究基地。在2008年廣東省思想政治理論建設評估中獲得優秀，名列受評院校優秀榜首。
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