學校建校之初成立基礎部承擔全校公共課教學任務，20世紀七十年代成立馬列教研室（處級建制）承擔全校公共政治理論課教學。
1985年學校在馬列教研室的基礎上整合校內資源設立社會科學系并設思想政治教育本科專業；1993年獲批思想政治教育碩士點（1998年該碩士授權點按照學科調整要求更名為馬克思主義理論與思想政治教育，2005年按照國務院學位委員會學科調整的規定，該授權點拆分為馬克思主義基本原理、思想政治教育兩個二級學科碩士授權點）。
1993年學校將校德育教研室并入社會科學系，至此社會科學系全面承擔全校公共政治理論課教學任務。
1997年7月原合肥工業大學與原安徽工學院合并成立新的合肥工業大學，原安徽工學院社會科學系與原合肥工業大學社會科學系合并成立新的社會科學系。
1999年6月學校按照學科群建設進行院系調整，將社會科學系與外語系合并成立人文經濟學院，2001年馬克思主義理論與思想政治教育學科點獲批為省級重點學科，2004年獲批科學技術哲學碩士點。
2007年12月學校按照學科建設發展需要，決定成立外國語言學院，人文經濟學院原屬外語系、大外部及英語本科專業、碩士點并入外國語言學院。
2008年11月馬克思主基本原理、思想政治教育被列為安徽省第三批重點學科。
2010年2月學校按照教育部要求，成立馬克思主義學院。該機構作為學校思想政治理論課教學科研機構，既是思想政治理論課教學部門和馬克思主義理論研究機構，又是馬克思主義理論學科點的依托單位。
學院擁有78人的優質教師隊伍，其中教授12人，副教授36人，具有博士學位的教師26人，在讀博士9人，全國高校思想政治理論課教學指導委員會委員1人，全國首屆優秀“兩課”百佳教師1人，全國優秀教師、全國高校優秀思想政治理論課教師1人，安徽省教學名師1人，博士生導師1人，安徽省高校學科拔尖人才1人，安徽省優秀理論工作者2人，安徽省模范教師1人，安徽省高校優秀教師、優秀思想政治教育工作者2人，安徽省優秀德育工作者3人，45歲以下教師全部實現碩士化。
學院下設馬克思主義基本原理概論教研部、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論教研部、思想道德修養與法律基礎教研部（思想政治教育系）、法學系、中國近現代史綱要教研部、研究生思想政治理論課教研部、社會實踐教研部等6個教研部（系）；下設思想政治教育研究所、知識產權與環境法研究所、綠色文化與和諧社會研究所（馬克思主義基本原理研究所）、馬克思主義中國化研究所、中國近現代國情研究所、軟科學與STS研究所、社會民生工程研究所等7個院屬研究所。
建有合肥工業大學現代科技發展與馬克思主義理論研究中心（省級人文社科重點研究基地）、安徽省普通高等學校輔導員培訓中心、合肥工業大學生態經濟與人文中青年創新群體（共建）和校外實習基地。
學院按照馬克思主義理論一級學科點的涵蓋范圍，結合我院實情和特長，不斷突破和凝練，形成了鮮明的學科特色，凝練出6個學科方向：馬克思主義理論與和諧社會構建及管理研究，馬克思主義理論教育規律與方法研究，現代科技與信息條件下的大學生思想政治教育研究，中國特色社會主義理論體系的形成與發展研究，國外馬克思主義和社會思潮研究，近現代中國國情與區域發展問題研究。此外，學院還設有科學技術哲學二級學科碩士點（支撐研究生思想政治理論課《自然辯證法概論》、《中國馬克思主義與當代》教育教學）和思想政治教育本科專業。
公開發表論文500余篇，出版專著20余部；主持國家社科基金重大招標項目1項、國家社科基金一般項目4項、教育部社科重大招標項目子課題1項，主持教育部人文社科項目等省部級項目51項，其他課題46項；獲得省級科研獎10余項，其他獎18項，其中安徽省社會科學文學藝術一等獎2項；獲得省級教學優秀成果特等獎1項，二等獎3項，榮譽獎16項。國家級精品課程1門，省級精品課程3門，5人次獲得安徽省教育教學優秀課件一、二等獎及全國教學課件優秀獎。
近年來，學院以教學為中心，以學科建設為龍頭，以科研為支撐，以隊伍建設為重點，正全面提升思想政治理論課的教育教學質量和馬克思主義理論的科研水平。
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