基礎醫學院是山西醫科大學最早建立的院系之一，前身為1958年成立的基礎醫學部，1999年更名為基礎醫學院。學院下設生理學系、細胞生理學省部共建教育部重點實驗室、12個教研室、5個研究所、1個基礎醫學虛擬仿真實驗教學中心和由10個實驗教學單位組成的基礎醫學實驗教學中心。學院擁有生理學國家重點學科，細胞生理學省部共建教育部重點實驗室，生物學山西省優勢重點學科，生物化學與分子生物學、藥理學、病理生理學等3個山西省重點學科；生理學、藥理學、生物化學與分子生物學、人體寄生蟲學、病理生理學等5門省級精品課程，生理學省級研究生精品課程，細胞生理學省級重點實驗室，基礎醫學省級實驗教學示范中心，省級虛擬仿真實驗教學中心，生物化學與分子生物學實驗室、機能學實驗室等2個省級高校基礎課示范實驗室。
學院現有生物學一級學科博士點以及生理學、再生醫學、時間生物學等3個二級學科博士點，生物學一級學科博士后科研流動站。學院為國內首批碩士學位授予單位，有生物學和基礎醫學2個一級學科碩士點，覆蓋全院大部分二級學科。其中,生理學科為山西省研究生教育創新團隊。
學院現有專職教師222人，其中終身教授3人，教授28名，博士生導師19人，碩士生導師53人；山西省“百人計劃”引進海外高層次人才4名；教育部新世紀優秀人才1名；“131”領軍人才8人；省級教學名師8人。
學院承擔著全校本科生、研究生及繼續教育等各層次50余門課程的教學任務。近五年學院承擔了50余項國家自然科學基金項目、100余項省部級科研項目；在學術期刊發表論文1000余篇，在學術會議發表論文200余篇，其中SCI、EI、ISTP等收錄219篇；獲省部級科研獎勵30余項，申報專利20余項，編寫各類教材、著作100余部。
學院先后和美國、加拿大、澳大利亞、日本等國家和香港地區的高等院校、科研院所建立了長期合作關系，為學院的建設發展創造了良好的外部環境。
近年來，學院發揚“傳承、奉獻、創新”的精神，提出了以“一體兩翼，四大體系，八大工程”為主要內容的“1248”發展戰略：即以建設全國一流教學研究型學院為主體；一手抓教育教學不動搖，一手抓科學研究不放松，兩手并重，兩翼并舉；著力構建教學改革體系、科研創新體系、人才培養體系、和諧文化學院建設體系四大支撐體系；實施教學平臺建設工程、教學改革創新工程、教學質量監控工程、學科平臺建設工程、科學研究推進工程、百人計劃團隊工程、中青年骨干扶植工程與和諧文化建設工程八大工程。學院全體教職員工積極開拓進取，為推進轉型跨越發展，使學院早日躋身全國一流的教學研究型基礎醫學院行列而不懈奮斗。
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