藥學院前身為山西醫科大學藥學系，創建于1979年，同年開始招收藥學專業學生。1999年經國家教委批準更名為山西醫科大學藥學院。
學院以本科教育為主，現有藥學、藥物制劑、中藥學三個本科專業。藥學專業是教育部高等學校特色專業建設點、山西省品牌專業，藥物制劑專業是山西省特色專業。學院設有藥物化學、藥劑學、臨床藥學、中藥學和藥物分析學5個綜合教研室。為了適應不同專業學生的更高要求，學院成立了藥學實驗教學中心，下設4個綜合實驗室、1個藥學實訓中心和中藥標本館。學院是一個擁有多層次藥學專門人才培養模式，集教學、科研與開發、社會服務為一體的教育機構，1987年開始招收碩士研究生，現有臨床藥學二級學科博士點、藥學一級學科碩士點、中藥學一級學科碩士點和藥學專業學位碩士點。目前在校本科生800余人，研究生120余人。學院還設有山西省中醫藥現代工程技術研究中心、山西省藥學研究生教育創新中心和山西省執業藥師培訓基地。
學院師資力量雄厚，現有教職工59人。其中，教授11人、副教授15人；博士生導師1人、碩士生導師23人；“新世紀百千萬人才工程”國家級人選1人；國務院政府特殊津貼專家1人；省級特聘教授1人；山西省教學名師2人；山西省高校創新拔尖人才2人；山西省青年學術帶頭人1人；教育部優秀骨干教師和新世紀優秀人才各1人；省高校首批青年學術帶頭人及骨干教師各2人；具有博士學位和碩士學位者占教師總人數的96%。
近3年來，學院教師主持的科研項目共60余項，其中10項國家級重點科研項目（包括國家科技重大專項、國家863計劃、國家自然科學基金項目、國家支撐計劃項目和國家教育部高等學校優秀骨干教師項目等）。取得了省部級科技成果獎6項、省教學成果獎2項；獲國家發明專利30余項，歐盟發明專利2項，出版學術專著5部，在國內外核心專業刊物上發表了較高水平的學術研究論文200余篇，被SCI收錄70多篇。
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