安徽農業大學工學院的前身為1958年建立的安徽農學院農業機械系，1959年開始招生，1989年農業機械系更名為農業工程系， 2001年更名為安徽農業大學工學院。五十多年來，學院已為國家培養輸送了6000多名高級工程專門技術人才，畢業生遍及省內外機械制造企業、農業機械科研與管理部門、建筑工程設計部門、大專院校和政府機關，他們在不同的工作崗位上為國家及地方的發展做出了突出的貢獻。先后有100多名畢業生出國進修、攻讀學位和合作研究，部分學成回國已成為國內知名企業家、單位首席專家、博士生導師、學科領域的學術或技術帶頭人。
學院設有農業機械系、機械工程系、電氣工程系、車輛工程系、建筑能源與水利工程系、工學基礎教學部、工學院實驗中心、機電工程園等8個基層教學單位。現有農業機械化及其自動化、機械設計制造及其自動化、車輛工程、農業水利工程、農業建筑環境與能源工程、電氣工程與自動化、土木工程7個一本專業。其中農業機械化及其自動化專業2010年被教育部批準為國家級特色專業，機械設計制造及其自動化專業2008年被省教育廳批準為省級教改示范專業，農業建筑環境與能源工程專業2010年被省教育廳批準為省級特色專業，工學實驗教學中心2005年被批準為省級基礎實驗示范中心。目前，全日制在校本科生1719人，研究生89人。近三年來，畢業生的一次就業率均在90％以上，位居學校前列。
工學院現有在職教職工84人，其中教授9人，副教授30人。教師中具有博士學位16人（其中博士后4人），在職攻讀博士學位12人，70%以上具有碩士學位。學院聘請了十多位國內外著名專家學者擔任“講席教授”和“客座教授”。現有“農業工程”和“機械工程”兩個一級學科碩士學位授權點，下設農業機械化工程、農業生物環境工程、農業電氣化與自動化、農業水土工程、機械設計及理論、機械電子工程、車輛工程、機械制造及其自動化等二級學科碩士學位授權點。“農業機械化工程”學科為安徽省省級重點學科，“農業建筑環境與能源工程”學科為校級重點扶持學科，“農業機械化工程”實驗室為校級重點扶持實驗室。
近五年來，學院先后承擔國家自然科學基金項目1項，省部級等各類科研項目80余項，科研經費近2000萬元；在國內外各類期刊和學術會議上發表學術論文332篇，其中SCI、EI、ISTP收錄80篇；編著出版教材及專著37部，其中主編、副主編17部；獲省級教學成果二等獎1項、三等獎1項，獲省級科技進步一等獎1項、三等獎1項、市級科技進步獎1項、省級科技成果17項，獲國家發明專利8項、實用新型專利26項、軟件著作權7項。
“十二五”期間，學院重點建設“現代農業機械裝備工程”、“農村能源工程研究”兩個科研平臺。主要研究方向有大宗作物生產機械裝備、名特優農產品加工裝備、養殖與設施農業工程裝備、農產品深加工設備、農業電氣化工程、秸稈綜合利用、養殖企業污染治理（沼氣工程）、其他新能源工程、車輛結構與環境保護和機械設計制造系統等。學院現有“電子技術應用研究所”、“農業機械工程研究所”、“農產品加工研究所”、“車輛電子與電器研究所”、“農村能源工程研究所”等五個研究所，與企業聯合成立了“農業機械工程研究院”、“插秧機研究所”、“茶葉機械研究所”。近年來研究所加強與企業的合作，參與企業科技攻關，增強了學院為地方和企業服務的能力，橫向課題的到賬經費穩步增長。
根據安徽農業大學辦學定位、辦學指導思想和規劃，工學院堅持和突出以教學為中心、以本科教育為主體，以提高教學質量、培養高素質人才為目標，以農業工程學科為依托，大力發展城鄉工業化、農村城鎮化和現代化建設急需的工程學科專業，同時努力發展研究生教育，經過“十一五”期間的發展，學院辦學初步形成了自身的特點和優勢,在“十二五”期間，學院將積極創造條件申報“農業工程”一級學科博士學位授權點，形成以本科教育為主體，博士、碩士、本科和成人繼續教育層次齊全，產、學、研緊密結合，突出為“三農”服務的、具有工程學科特色的教學研究型學院。
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