安徽農業大學理學院是2004年7月在原基礎科學學院的基礎上更名成立的學院，下設應用數學系、應用化學系、應用物理系、統計系、空間信息科學系、化學實驗教學分中心、物理實驗教學分中心、綜合實驗教學分中心、應用數學研究所。學院現有教職工105人，其中教授11人，副教授22人，特聘講席教授1人，博士（含在讀）31人，碩士生導師19人，省級教學名師2人，校級教學名師6人，校教壇新秀3人。
學院設有4個本科專業：“信息與計算科學專業”、“應用化學專業”、“統計學專業”和“測繪工程專業”，同時并承擔著全校數理化基礎課和測量學、生物統計學等專業基礎課的教學任務。
學院以質量提升為抓手，深化教學改革。近年來，主持國家級教研項目6項，省級“質量工程項目”20多項，主編國家級和省（部）級等各類規劃教材20多部，“十一五”末榮獲“全國高等農業院校優秀教材獎”二部，完成了《大學數學》、《大學化學》省級精品課程建設，完成了首批省級基礎課實驗教學示范中心（基礎化學實驗）的建設，多媒體課件評比獲國家級二等獎1項、三等獎1項、省級獎3項；獲校級教學成果獎多項及教案評比、試卷評比等各類獎勵十多項。組織領導學生參加各類競賽，獲大學生數學建模競賽、數學競賽、單片機應用競賽、物理實驗技能大賽、GIS大賽等多種賽事各級別獎項數次；獲校教學競賽一等獎3項、二等獎4項、三等獎5項。
“十二五”以來，學院注重拓寬科研領域與渠道，加強了對外聯系；先后與國家農業信息化工程技術研究中心、安徽省國土資源廳、安徽省地質調查院、中國科技大學、合肥工業大學、安徽大學、中科院合肥物質科學研究院、合肥田園土地規劃公司等單位建立了科研合作。自2011年以來，理學院科研到帳經費總量257萬；獲國家自然基金立項4項，國家社科基金立項2項，教育部人文社科基金立項1項，安徽省國土資源廳專項3項，安徽省教育廳自然科學重點項目6項，安徽省科技廳重點科研項目1項，安徽省自然科學基金立項1項，安徽省教育廳優秀青年基金2項，安徽省博士后基金2項。全院教職工以第一作者或通訊作者發表論文160余篇，其中SCI論文近20篇(一區2篇)、EI論文20多篇、二類以上論文80多篇。獲發明專利2項、獲實用新型專利3項、軟件著作權7項、獲安徽省自然科學論文3等獎5項。
理學院現有在校本科學生約900余人，學院堅持“育人為本、德育為先、注重實效、爭創特色”的工作原則，積極開展豐富多彩的校園文化活動。在高校就業競爭日益激烈的情況下，學生考研成功率穩中有升，就業率一直位居全校前列。
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