我院法醫專業由安徽省衛生廳1986年3月批準設置，1987年經安徽省教委批準招收5年制法醫學本科生，授醫學學士學位，并成立法醫學系；2007年學院機構調整，法醫學系、口腔醫學系、預防醫學等5各專業組建醫學三系；2013年7月成立法醫學院。我院法醫學專業于2008年被安徽省教育廳授予省級特色專業，2010年被國家教育部、財政部授予國家級特色專專業。我院法醫專業除培養法醫專業本科生以外，尚承擔法醫學碩士研究生培養（1999年具有碩士學位授予權），非法醫專業人員的崗前培訓。
法醫學院設有法醫病理學、法醫物證學、法醫學三個教研室,一個中心實驗室。為服務社會，2003年成立皖南醫學院司法鑒定中心。
目前法醫學院師資隊伍雄厚，教師學緣結構合理力，承擔主要教學任務的年輕教師均具有碩士以上學歷。
法醫學院在南校區現有2320平米的三層教學用房，基本滿足了法醫學專業檢案、科研、實驗的需要，擁有DNA測序儀、氣質聯用儀、圖像分析儀的大型科研、教學、檢案等先進設備。
法醫學院的在校學生來自全國各地，招生以安徽省內為主。一批批勤奮好學、立志報國、服務社會、獻身警界的熱血青年投身于法醫事業的隊伍中。本著做“有理想、有道德、有文化、有紀律”的人生信念，堅持“德、智、體、美”全面發展的綜合要求，法醫專業的學生在校內各項活動中積極表現，各方面能力得到綜合提高。畢業走上社會他們積極發揮專業優勢，勤奮、踏實，在社會及單位領導的高度贊譽中,也為母校爭得了榮譽。
無論是在厚重歷史的老校區還是在風景如畫的新校區，法醫學院一如既往的按照國家教育部專的辦學要求，堅持科學﹑嚴謹、一絲不茍的工作態度，積極探索法醫專業的辦學模式，嚴謹治學，繼續培養能熟練掌握現代醫學基本知識和法醫專業技能，能夠服務于安徽和周邊省市人民，能夠勝任于各級各類公、檢、法、司各級機構的法醫鑒定要求，能適應社會主義市場經濟需求的各類高級專門人才。
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