學校志愿以“學校志愿優先”為原則。當第一志愿報考學校的人數少于招生計劃數時，接收非第一志愿或省區市招辦組織征集志愿的考生。
專業志愿以“專業志愿優先”為原則，充分尊重考生志愿，不設專業“級差”。對相同專業志愿的考生從高分到低分順序錄取。在考生所報專業志愿均未被錄取情況下，對服從專業調劑者，調到缺額專業錄取；對不服從調劑者，作退檔處理。非第一學校志愿進擋的考生依據其高考成績，錄取到缺額專業。
執行考生所在省、自治區、直轄市招生委員會制定的加分或降分政策。
同等條件下，優先錄取獲得省級優秀學生、優秀學生干部、三好學生等榮譽稱號的考生，有藝術、體育方面特長的考生，語文、數學、外語三科高考分數總和較高的考生，
本科民族預科錄取中，同等條件下對高寒山區、邊疆少數民族地區考生優先錄取。
學校錄取通知書待錄取結束后以特快專遞方式寄出，錄取結果在云南中醫學院招生信息網上公布（http://www.zsb.ynutcm.edu.cn/）。
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