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水運工程系嚴格按照《STCW公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國船員培訓管理規則》要求建設，取得了國家海事局頒發的船員教育和培訓許可證書、船員教育和培訓質量管理體系證書；其擁有且安徽省內唯一擁有“遠洋船員教育和培訓”資質。
水運工程系現有航海技術、輪機工程技術兩個專業，擁有航海實訓中心、輪機實訓中心和多個校企合作實習實訓基地；擁有一支政治素質過硬、業務精湛的教師隊伍，專業教師持有海船適任證書比例為100%，高級職稱教師比例為44%。
水運工程系實行半軍事化管理，嚴格按照船員教育和培訓質量管理體系要求培養社會緊缺的高技能航海人才，畢業生供不應求、待遇優厚，有著較高的行業知名度和社會聲譽。學生實行訂單培養，入學即與企業簽訂就業協議，享受企業和學院雙重獎助學金，且在校期間的培訓費全免，開創全國先例。
| 專業名稱 | 專業榮譽 | 培養目標 | 就業方向 | 主修課程 | 職業資格 | 備注 |
| 航海技術專業 | 中央財政支持提升專業服務產業發展能力重點建設專業、安徽省特色專業 | 培養符合《STCW公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國海船船員適任標準》要求，具有良好的職業道德和愛崗敬業精神，具有無限航區一類三副實際操作管理能力、能勝任現代化船舶駕駛與管理的高級應用型人才。 | 畢業生主要面向全國海（航）運企業，從事遠洋、沿海船舶運輸和技術管理工作，也可在海事局、港監局等相關的管理部門或海事類培訓機構從事相應的工作。 | 航海學、船舶結構與貨運、航海英語、船舶操縱與避碰、船舶管理等 | 熟悉與基本安全、精通急救、精通艇筏、高級消防等證書、保安意識與負有指定保安職責證書；無限航區船舶值班水手適任證書，GMDSS操作員適任證書，無限航區一類三副適任證書 | 身高1.55米以上，無色盲，僅限文史類招女生，比例不超過20% |
| 輪機工程技術專業 | 培養符合《STCW公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國海船船員適任標準》要求，具有良好的職業道德和愛崗敬業精神、具有無限航區一類三管輪的實際操作技能和管理能力、能勝任現代化船舶機電管理技術要求的高級輪機管理應用型人才。 | 畢業生主要面向全國海（航）運企業，從事遠洋、沿海運輸船舶的輪機技術管理工作，也可從事機電設備、工程機械相關工作或在海事局、港監局等相關的管理部門以及海事類培訓機構從事相應的工作。 | 主推進動力裝置、船舶輔機、輪機維護與修理、船舶電氣設備、船舶管理、輪機英語、輪機自動化等 | 熟悉與基本安全、精通急救、精通艇筏、高級消防等證書；保安意識與負有指定保安職責證書，無限航區船舶值班機工適任證書，無限航區一類三管輪適任證書。 | 限招男生，身高1.55米以上，無色盲 |
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