新修訂的《會計檔案管理辦法》增加了電子會計檔案的相關規定，將電子會計檔案納入了會計檔案的范圍，規定會計檔案包括通過計算機等電子設備形成、傳輸和存儲的電子會計檔案。新《管理辦法》還規定，滿足一定條件時單位內部生成和外部接收的電子會計資料可僅以電子形式歸檔保存。
僅以電子形式歸檔保存的會計資料，一方面在制度上確定了電子會計檔案的合法合規，方便會計檔案的保存和保管，另一方面也讓人不太放心，電子形式的會計資料平時看不見摸不著，機器故障、系統原因、人為錯誤等，都可能造成電子會計檔案的丟失。那么，電子會計檔案要怎樣保管才安全呢？
首先，在計算機系統的物理安全方面要有保證，比如防水、防火、防震、防盜等，注意辦公區域的鎖禁和巡查等。
其次，在計算機系統、會計核算系統和電子檔案管理系統的安全、可靠方面要有保證。能夠準確、完整、有效接收和讀取電子會計資料，能夠輸出符合國家標準歸檔格式的會計憑證、會計賬簿、財務會計報表等會計資料，設定了經辦、審核、審批等必要的審簽程序；符合電子檔案的長期保管要求，并建立電子會計檔案與相關聯的其他紙質會計檔案的檢索關系。
最后，針對電子會計檔案要利用計算機技術完善相關內控制度，比如電子簽名，禁止未經授權的訪問，防篡改，建立災后恢復的應急方案等等。
總之，電子會計檔案是順應當前信息技術的發展而產生的，其保管與安全問題也應當結合信息技術及內部控制制度而做好風險防范，盡量應用先進的技術和辦法保證電子會計檔案的安全。
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