發票的合法性審核主要包括以下方面：
一、從票據填制的內容和加蓋的印章進行審核
1.發票填制的內容是否與發票種類相符合。
2.發票加蓋的印章是否與票據的種類相符合。報銷發票加蓋的印章一般是發票專用章，根據《發票管理辦法》，報銷票據加蓋印章可以是發票專用章，也可以是財務專用章。
3.票據的屬地、職能是否與票據上加蓋的印章相符合。
4.票據客戶名稱填寫是否與報賬單位名稱相一致。
5.從票據印制的所屬日期與實際開票日期查驗是否屬過期作廢票據。發票印制的所屬日期可以從發票右上角的發票代碼第6、7位查驗出發票的年份，如果一張票據印制所屬日期是2001年，開票日期卻是2007年9月16日，顯然這樣的過期作廢票據也是不能報銷的。
6.同一本票據號碼的排列先后順序與該票據的填制日期是否合理。
7.票據的大小寫金額填寫是否相符以及金額是否正確。
8.發票填制字跡、筆體、筆畫的精細、壓痕是否異常。
9.發票填寫位置是否存在位移。所謂位移，也就是第二聯經復寫后，票據上的文字或數字出現錯位，如一張票據大寫金額是6 000元，小寫金額是60 000元，這樣的票據也是不合規票據，因為稅務機關指定的企業在印制裝訂發票時，各聯次縱橫行列都是對齊的，有固定位置，不會出現位移現象。
10.報銷票據是否屬白條、收據。所謂白條收據是指報紙雜志訂閱單、培訓費收據、政府部門收費收據等，這種以收據、白條代替發票或基金票據使用的，其目的是偷逃稅款或私設“小金庫”，顯然這樣的票據也是不能報銷的。
二、從報銷票據所附清單及有關審批手續進行審核
1.報銷發票所附清單的審核。對于會議費報銷票據必須分項注明住宿費、餐費、場地使用費等內容，并附上賓館所開具的原始單據。汽車維修費報銷須注明修車單位、車牌號、維修零配件、維修工時等內容。如果零配件更換較多，也要附上明細清單。
2.資本性支出報銷票據的審核。
3.報銷票據有關人員簽名、簽署意見及事由的審核。首先要鑒別領導簽字是否與印鑒卡的簽字相一致，領導簽名要簽全名，領導簽署意見應注明本人意見，如“同意”等，不可只簽名字不簽意見；實報金額與票面金額不一致時應由領導簽字注明實報金額；其次是審查經辦人、驗收人以及財務聯系人的簽字是否簽齊全；最后要審查報銷票據是否注明事由。
三、從報銷發票本身的防偽性能來鑒別發票的真假
1.借助紫光燈來鑒別發票的真假。
2.根據票據本身的制作，鑒別其是否屬國家正規特制票據。正規發票通過光線照射，里面會出現水印、不規則發明短光線、特制花紋等圖案。假發票則通過光線照射沒有這些防偽標記或者防偽標記模糊不清。
3.根據票據的印制特征進行鑒別。
4.根據發票代碼及號碼進行審驗。新版普通發票右上角有兩排數字，上面一排是發票代碼，下面一排是發票號碼。發票代碼以12位數碼表示，第1位代碼表示發票所屬機構代碼，即0為總局，1為國稅局，2為地稅局；第2至5代碼是表示行政區域統一代碼，以全國行政區域統一代碼為準，如：河南省行政區域代碼是4100，鄭州市4101，開封市4102，許昌市4110；第6、7位表示年份代碼；第8位代碼表示所屬行業代碼；第9、10、11位代碼表示所屬行業具體排序碼；第12位代碼表示為“票號循環碼”。發票號碼以8位數碼表示，為每一種發票在每年度中的排序。
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