滯留發票是指銷貨方對購貨方開具增值稅專用發票，而購貨方由于種種原因在90日內未將專用發票認證及抵扣的增值稅專用發票，由于金稅工程全國聯網，目前增值稅發票只要一經防偽稅控系統開出，而購貨方未去認證則該發票就沒有對應的抵扣信息，造成滯留。
造成滯留發票的原因主要有以下幾方面：
1.屬于購進固定資產，專用發票不得認證；
2.屬于購進免稅貨物用，專用發票不得認證；
3.屬于購進非應稅項目用，專用發票不得認證；
4.銷貨方未將專用發票交給購貨方，造成存根聯滯留；
5.貨方接到專用發票超過90日認證期而無法認證抵扣，造成存根聯滯留；
6.貨方在小規模納稅人期間取得對方開具的專用發票不能抵扣；
7.購貨方發生走逃或注銷。
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