食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農產制造門和1927年創辦的中央大學農產制造門、食品工業系，1952年全國院系大調整，部分師資并入南京農學院農學系和園藝系。1985年學校在全國農業院校中率先成立了食品科學系，1996年成立食品科技學院。
學院擁有博士學位食品科學與工程一級學科授予權，1個博士后流動站，1個國家重點(培育)學科，1個江蘇省一級學科重點學科，1個江蘇省優勢學科，1個江蘇省二級學科重點學科，4個博士點，4個碩士點。擁有1個國家工程技術中心、1個中美聯合研究中心，1個江蘇省協同創新中心，1個農業部重點開放實驗室，1個農業部農產品風險評估實驗室，1個農業部檢測中心，1個教育部重點開放實驗室，1個江蘇省工程技術中心，8個校級研究室。擁有1個省級實驗教學示范中心，2個院級教學實驗中心(包括8個基礎實驗室和3個食品加工中試工廠)。學院下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個系，下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個本科專業，其中食品科學與工程為國家級特色專業，入選國家卓越農林人才培養計劃、江蘇省重點專業，生物工程、食品質量與安全為省級特色專業。目前在校本科生750多人，研究生400余人。
“十二五”以來，學院先后承擔和完成國家自然科學資金、國家“863”、國家“十二五”支撐項目、部省級課題及橫向課題研究150余項;榮獲國家和部省級科技進步獎20多項，獲國家專利100多項，在國際學術刊物上發表論文600余篇(其中500余篇被SCI、EI等收錄和引用)，國內學術刊物上發表論文1000余篇，出版專著10余部，教材20余部。國家一級學會----中國畜產品加工研究會掛靠在本校。學院注重科研成果的開發與轉化，先后在北京、江蘇、浙江、山東、安徽、江西、甘肅等地開展產學研合作，取得了顯著的社會效益和經濟效益。
學院注重拓展海內外科技合作關系，曾多次承辦國內外大型學術會議，接待美國、日本、加拿大、荷蘭、澳大利亞、韓國等專家教授前來講學，與法國里爾科技大學、法國巴黎高科、俄羅斯圣彼得堡工程大學建立交換留學生關系。除學校所設的各類獎學金外，一批在食品行業有影響的公司也在學院設立了ADM、新希望六和、桂花鴨、諾維贊、匯湘軒、蘇食等獎學金和獎教金。
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