批辦工作中應遵循集中統一原則與分工負責制的原則。
（1）集中統一原則，是指針對本機關重大的、涉及全局性的問題，應由領導集團全體成員集體討論、通過，而后做出批辦意見。目前，無論在國家機關，還是在企事業單位，即其他社團組織中，都實行少數服從多數，個人服從組織，下級組織服從上級組織的原則，以保持組織目標的準確和行動的一致。集中統一批辦原則是機關實行民主集中制的領導原則的體現。
（2）合理分工原則，是指不同組織機構層次的負責人，根據自身的職權范圍，各負其責，各司其職地審批有關業務公文與行政事務性公文，不要代下級批辦公文，盡量減少集體批辦，對多頭主送的來文，必須根據各位領導的分工，送交真正的負責人閱批。同時，對法定負責人已有合法、明確、有效批辦意見的，不再送其他人重復批辦。批辦工作若無明顯分工，各層次領導就會出現相互扯皮、推諉的混亂狀態。因此，這一原則使各層次領導的批辦工作分工明確，能夠充分發揮各級批辦人的工作積極性、主動性和創造性，又能使批辦工作按時、按質、按量地完成分工批辦任務，提高各級領導地工作效率。
集中統一原則和合理分工原則之間的關系不是機械的、絕對的，二者是辨證統一的關系。為避免失誤，批辦重要公文時可組織集體研討或征詢專家意見。單位法定的領導人必須勇于承擔責任，不得事無巨細都要召開會議以征得各方同意，或者將一個機關的全部發文交由機關主要領導人來批辦；不得對每發一份公文都由上而下或由下而上逐級批示，或者互相推諉，層層上交或下移矛盾，而應既有集中又有分工，彼此協調、互相監督和制約，來順利完成批辦工作。
通常情況下，機關中各層次批辦公文的具體分工如下：
機關決策層 由機關的正職領導或分管該項工作的副職領導負責批辦，必要時，也可由被授權的綜合辦公廳（室）的負責人來批辦。具體包括：本機關重要決策、全面重大工作的部署、規劃，關于重要人事任免、調動和處理，行政法規、規章、重要問題的指示、批示、批復，關于重要問題、事故、案件處理的決定、重要會議的決議、紀要，本機關財務管理方面的重要決定、財務預（決）算。
部門決策層 由本部門的負責人批辦。具體包括：本層次主管業務的規章制度、工作指示、決定，主管業務范圍內有關問題、案件、事故以及人員的處理決定、批示、批復，部門工作方案、計劃、報告、請示的批示、批復，事務性、臨時性公文的審批與辦理等。
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