北京大學公共衛生學院始建于1950年，其前身為北京大學醫學院公共衛生科。1952年北京大學醫學院脫離北京大學獨立建院，公共衛生科改為公共衛生學系，1956年更名為衛生系。1985年北京醫學院更名為北京醫科大學，衛生系更名為公共衛生學院。2000年北京醫科大學與北京大學合并，組建新的北京大學，北京醫科大學更名為北京大學醫學部，公共衛生學院為北京大學醫學部的一部分。公共衛生學院培養出的本科生、研究生遍布國內外，大多數成為預防醫學、公共衛生、衛生事業管理及醫學教育等領域的中堅和骨干。
公共衛生學院設有流行病學與衛生統計學、勞動衛生與環境衛生學、營養與食品衛生學、婦女與兒童青少年衛生學、毒理學、衛生政策與管理、社會醫學與健康教育七個系和中心實驗室及北京大學兒童青少年衛生研究所。目前全院教職員工151人，其中教授、研究員29人，副教授、副研究員28人，博士研究生導師9人。各類在校學生562人、其中博士生59人、碩士生183人、本科生320人。
公共衛生學院現設有預防醫學本科專業，2001年起經國家教育部批準，試辦預防醫學專業長學制教育，學制7年，第六年起進入二級學科培養，畢業后授予碩士學位。全院有流行病與衛生統計學、勞動衛生與環境衛生學、營養與食品衛生學、兒少衛生與婦幼保健學、衛生毒理學、社會醫學與衛生事業管理學六個專業培養碩士和博士研究生。學院有公共衛生和預防醫學博士后科研流動站，可以接受各個學科畢業博士生進站從事科研工作。2003年開始招收公共衛生碩士（MPH）。設在學院的預防醫學培訓部設有預防醫學專業成人教育專升本、專科兩個層次的夜大和函授班，以及衛生事業管理專業專升本電大班。公共衛生學院的流行病與衛生統計學為國家重點學科，流行病學實驗室為教育部重點實驗室。學院有循證醫學中心、艾滋病預防研究中心、營養與保健食品評價中心三個聯合研究中心及預防醫學實驗教學中心。近十年來，公共衛生學院承擔國家攻關、國家自然科學基金、部委基金和國際合作等科研項目200余項。獲各類科研成果獎50多項。其科學研究和教育水平在國內公共衛生領域處于領先地位。公共衛生學院在教學和科研方面與世界衛生組織（WHO）、聯合國兒童基金會（UNICEF）、美國疾病控制中心（CDC）、美國中華醫學基金會（CMB）等國際組織保持良好合作關系，并與美國哈佛大學、耶魯大學、約翰·霍普金斯大學，澳大利亞悉尼大學、拉籌伯大學、格里非斯大學，韓國漢城大學，香港中文大學等境外大學建立了良好的交流和合作關系。
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