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福州大學海洋學院為了深入推進閩臺高校交流與合作、探索海峽兩岸聯合培養人才的新模式，根據福建省教育廳《關于公布2012年“校校企”閩臺高校聯合培養人才項目的通知》（閩教海職〔2012〕4號）的精神，于2012年首次開展了“校校企”閩臺高校聯合培養人才項目。作為閩臺合作辦學國家改革試點重點單位，該項目實施“校校企”閩臺高校聯合培養的模式，由福州大學、臺灣合作高校、臺資企業三方聯合制定專業人才培養方案，聯合組建教學團隊，聯合開展專業、課程、教材等教學資源庫建設，聯合開展實訓基地建設，共同培養一批高素質的應用型人才。除遇相關政策調整等不可抗拒的因素外，學生原則上應于第三學年赴臺灣相關合作高校學習一年，赴臺學生采取學分制的管理辦法，學生畢業后由我校頒發學歷學位證書，臺灣相關合作高校出具課程學習成績證明或結業證書。
學院依托福州大學以工為主、理工結合的學科優勢，先后與臺灣銘傳大學、海洋大學、東吳大學合作開展了閩臺高校聯合培養人才項目，重點培養我省海洋產業急需的海洋工程及海洋科學領域高級人才，其中海洋工程裝備設計制造、近海工程這兩個專業填補了我省海洋工程領域人才培養的空白。目前，學院已開設七個海洋相關領域的學科專業，全部在本一批招生，學生在福州大學銅盤校區培養。
法學（海洋法方向）
本專業由我校與臺灣東吳大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，能在國家機關、企事業單位和社會團體，特別是能在國家立法機關、審判機關、檢察機關、司法行政機關、仲裁機構、法律服務機構和涉外活動中從事法律工作、尤其是海洋法律工作的應用復合型高級專門人才。
生物技術（海洋生物方向）
本專業由我校與臺灣東吳大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，具有創新精神和實踐能力的生物技術高級專業人才。通過培養使學生掌握系統的海洋生物技術及其相關學科的科學理論知識和實驗技能，能在海洋生物資源開發利用、海洋環境保護、海洋生物高新技術產業等領域從事研究開發和經營管理等工作。
機械設計制造及其自動化（海洋工程裝備設計制造方向）
本專業由我校與臺灣海洋大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，具備現代船舶與海洋工程設計、研究、建造的基本技能和管理基礎知識、計算機編程及應用能力，能從事船舶與海洋結構物設計、研究、制造、檢驗、使用和相關管理工作的船舶與海洋工程學科高級工程技術人才。學生畢業后，可到船舶與海洋工程設計研究單位、海事局、船級社與船舶檢驗部門、造船廠、船舶公司、高等院校、航運管理等部門從事船舶與海洋結構物設計、研究、制造、檢驗、使用、教學和管理等工作，也可到相近行業、船舶及海洋工程配套產業等有關單位就業。
電子信息工程
本專業由我校與臺灣銘傳大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，在電子與信息工程領域具有系統的理論基礎和專業知識，有較強的工程實踐與創新能力，能在該專業領域從事信號與信息系統、數字電視工程方向的研究和系統設計、開發、維護、生產以及管理工作，能夠熟練進行電子電路設計、嵌入式系統的開發，計算機及網絡應用等的高級復合型工程技術人才。
水利水電工程（近海工程方向）
本專業由我校與臺灣海洋大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，具備港口工程、航道工程、海岸工程的規劃、設計、施工和管理等方面知識的高級技術人才和管理人才。學生畢業后，能在交通水利海岸開發等部門從事規劃、設計、施工和管理等工作。
物流管理
本專業由我校與臺灣銘傳大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，具備現代物流管理的理論、技術、方法和能力，能夠在物流企業、連鎖零售或制造企業、國際貿易企業、物流規劃咨詢機構、物流教學科研機構、物流行業協會、政府部門等從事物流管理和教學科研方面工作的高層次現代物流管理人才。
物流工程（港口物流方向）
本專業由我校與臺灣銘傳大學聯合培養，旨在培養德、智、體全面發展，具備面向現代物流系統進行分析、設計、運作、優化和管理能力的復合型高級物流工程規劃與管理人才。學生畢業后，可以在港口、航運企業、大型制造企業、專業物流企業、站場及管理咨詢公司從事物流工程項目運營管理、物流規劃、物流咨詢等工作。
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