甘肅農業大學于1960年開始園藝本科教育，1993年開始園藝學科碩士研究生培養，2004年開始博士研究生培養。2010年獲得園藝學一級學科博士學位授予權，是甘肅省重點學科。1971年成立林果系，1979年建立園藝系，2003年與農學院合并為農學院，2014年1月成立園藝學院。
學院下設蔬菜科學系、果樹科學系、設施園藝系和觀賞園藝系4個系，擁有蔬菜學、果樹學、設施園藝學3個博（碩士）士學位授權點和農業推廣園藝領域碩士學位授權點，園藝、設施農業科學與工程2個本科專業。
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