藥學院現開設有制藥工程、中藥學兩個本科專業和生物制藥技術、藥品經營與管理兩個專科專業，其中制藥工程專業為湖北省戰略性新興（支柱）產業人才培養計劃和湖北省綜合改革試點專業。全系設有生藥學、藥劑學、藥物化學、醫藥學基礎4個教研室、擁有1個實驗教學中心和1個藥物研究所。實驗中心包括藥物化學、藥劑學、藥物分析、藥理學、生藥學、中藥炮制等10個專業實驗室和中藥標本館、藥用植物園2個校內實訓基地，總面積1959.5平方米，現有儀器設備400多套件，總價值逾250萬元。
學院現有全日制普通本、專科生2600余人，教師55人，教授、副教授19人，講師24人，其中博士10人，碩士20人，雙師型教師12人。名譽系主任詹亞華教授任中國中醫藥學會中藥鑒定專業委員會顧問，享受國務院特殊津貼。近年來，制藥工程系引進了一批來自于武漢大學、沈陽藥科大學、中國醫學科學院、上海藥物研究所等重點高校和科研院所的優秀博士。
學院注重加強學科建設和教學科研工作，《生藥學》被評為省級精品課程，《藥理學》、《藥劑學》、《藥用植物學》等核心專業課被評為校級精品課程。承擔有國家自然科學基金、湖北省自然科學基金、武漢市晨光計劃、省市教育局等科研項目共27項，先后與武漢大學、華中科技大學、湖北中醫藥大學、中科院武漢植物研究所、湖北農科院中藥材研究所等高校及科研單位建立了長期的學術交流及合作關系。
學院高度重視實踐教學和人才培養，不斷加強學生實習、實訓基地建設，先后與武漢馬應龍藥業、九州通醫藥集團、武漢健民藥業、武漢濱湖雙鶴藥業、武漢惠濤藥業、湖北農科院地道中藥材研究所等一批藥品生產、流通、研發單位建立了長期的合作關系，為學生實習、實訓及畢業生就業提供了有力保障，其中與九州通醫藥集團合作的校外實習實訓基地2012年獲批為省級及國家級實習實訓基地。同時，制藥工程系重視學生職業技能培訓，定期對畢業生開展藥物分析工、中藥質檢工職業資格的培訓及資質認定，大大增加了畢業生就業的競爭能力。
近年來，畢業生就業率長期保持在95%以上，就業質量不斷提高。2007年起，與湖北省最大的民營企業九州通集團有限公司聯合開辦定向就業班，500余名學生畢業后全部被公司錄用；2013年開始與武漢健民藥業集團聯合開辦了訂單式培養特色班“健民班”，首屆100人入選，已正式開課；一大批畢業生成長為全國醫藥衛生企事業單位業務骨干。近年來，本科畢業生中有100多人通過研究生考試，其中40多人被“985”、“211”重點大學錄取。
學院先后被授予“湖北省大學生陽光體育運動先進基層單位”、“校級文明單位”、“安全文明單位”等多項榮譽稱號。
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