北航飛行學院成立于1993年，是由北京航空航天大學與中國南方航空股份有限公司聯合創辦，充分利用學校已有教學資源，發揮校企合作辦學的優勢，專門培養具有國際化視野高素質民航飛機駕駛員的學院。從1993年起開始招收“飛行技術”專業本科生，實施校企緊密結合辦學模式，并送國外進行飛行訓練，直接為航空公司定制式培養高水平飛行員。
截止到2013年9月，學院共招收“飛行技術”專業本科生共計4651名，招收非學歷飛行學員617名。學院已為南方航空公司輸送了2450名飛行員，其中已經有1000多名聘任了責任機長。
學院已經為南方航空、東方航空、四川航空、山東航空、郵政航空、幸福航空、中國商飛、順豐航空等公司開展了飛行員培訓業務。學院于2006年開展了大改架學員的招飛工作，2007年開展了非學歷飛行技術學員的培訓業務，2011年開展了養成生的招飛工作。
學院提出了“建成高水平航空運輸理論研究的一流國際化飛行學院”的發展方向，培養具有國際化視野、高素質的飛行員工作目標。凝練出“思想好、作風硬、紀律強、技術精”的院訓，對學員實施半封閉式的準軍事化管理模式。
學院四個培養體系包括理論課程教學體系、國外飛行訓練體系、職業資格取證體系和綜合素養教育體系。學生首先在國內完成2年左右的基礎理論學習，然后在國外進行1.5年左右的飛行訓練，最后半年回學校完成畢業論文設計和民航執照理論考試，之后赴航空公司進行飛行實習。
學院于2008年分別獲得了中國民航局ATPL理論培訓和ICAO飛行英語培訓資質證書，成為培養職業飛行員的專業培訓機構，并獲批成為中國民航局執照理論考試機構。
飛行學員完成全部課程，經考核合格，可獲得9個證書，即：北航的本科畢業證書、北航學士學位證書；國外民航局頒發的私人駕駛執照、符合美國FAA標準的商用駕駛執照、儀表等級證書；中國民航局頒發的商用駕駛執照、儀表等級、專業英語、航線駕駛執照等證書。學員畢業后即可成為民航客機的右座副駕駛員，并具有隨機機械師的水平。
學院貫徹“理論學習與飛行訓練相結合，國內學習與國外學習訓練相結合，學歷教育與執照考試相結合”的教學指導思想，以培養具有國際化視野、高素質的飛行員作為學院工作目標。
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