首都醫科大學生物醫學工程學院成立于2001年，前身是1987年成立的生物醫學工程系，是全國最早開展生物醫學工程專業教育的單位之一。學院現有教職工91人，其中教授10人、副教授27人；博士生導師6人，碩士生導師16人；現有本科生200人，碩士生34人，博士生19人。
首都醫科大學生物醫學工程學科是北京市重點學科。學科特色是“以臨床工程學和康復工程學為主要內容的醫學應用型工程學學科”。學科本著“幫醫學研究認識深化，助醫學服務水平提高”的發展理念，堅持“明確理念，優配資源，凝練特色，協調發展”的建設原則，遵循“理工科學與生物醫學緊密結合，基礎研究與醫學實踐緊密結合”的建設策略。學院是中國生物醫學工程學會理事單位、中國生物醫學工程學會醫學物理分會的副理事長和掛靠單位、中國生物醫學工程學會生物力學專業委員會委員單位、中華醫學會醫學工程學分會主任委員及掛靠單位、中國圖像圖形學會醫學影像專業委員會副主任委員單位、北京生物醫學工程學會副理事長單位、教育部生物醫學工程、計算機、醫學基礎教育教學指導委員會委員單位、教育部高等醫藥院校現代教育技術與計算機教學指導委員會副主任委員單位、全國計算機基礎教育研究會醫學專業委員會主任委員和掛靠單位。
學院現有生物醫學工程（聽力學、醫學影像設備與技術、醫療器械工程技術管理等專業方向）、假肢矯形工程兩個本科專業，其中假肢矯形工程專業教育填補了國家本科教育空白。2008年生物醫學工程專業獲北京市品牌專業，北京市和國家特色專業稱號；2009年假肢矯形工程專業獲北京市特色專業稱號。學院除開展專業教育以外，還承擔著學校其他專業的本科、專科、研究生層次的理工類課程教學。學院具有一批高素質教師，教師個人曾被評為全國優秀教師、北京市優秀教師、北京市教學名師、北京師德先進等。學院還聘請國內外知名學者和專家作為學院客座教授和講座教授，并依托北京“海聚”工程等項目，引進高水平海外人才來院工作。
在學科建設上，學院凝練并逐步穩定了生物醫學工程二級學科方向。目前學院的優勢學科為生物力學與康復工程學，其學術方向為組織器官生物力學現象與功能研究、人體康復器械工程學研究、人體生物物理現象與功能研究；重點建設學科為生物醫學儀器學，其學術方向為醫學儀器設計與信號處理方法研究、醫學影像處理與應用研究、激光醫療儀器設計與應用研究；教育必需學科為生物醫學信息學（數學、計算機），其學術方向為生物信息分析與應用研究、醫學信息處理與應用研究、生物系統數學建模與仿真；特色學科為臨床工程學，其學術方向為醫療儀器功能開發與應用研究、醫療設備風險與質量控制、醫院信息處理系統設計與應用。
學院從早年的關幼波肝病中醫專家系統、基于神經網絡的嗅覺和視覺的生物控制研究到現在的醫學圖像處理、數字化虛擬人體研究與應用、閉角型青光眼致盲機理和顱內動脈瘤破裂風險的生物力學解釋、骨科治療技術與器械研究、生物信息學研究、血管與神經的組織工程學研究、多傳感器測量系統的人體運動能量代謝、睡眠呼吸暫停機理及新治療方法的生物力學與計算機模型、激光醫療儀器設計與應用、拉曼光譜檢測技術醫學應用等研究工作，以及聽力學篩查與康復訓練裝置和適合中國國情的康復工程產品開發等研發工作均在生命過程認識和臨床診療與康復水平提高方面做出了貢獻。學院現有北京市科技創新團隊一個，北京市高層次人才資助一人。2005年以來，學院先后承擔歐盟合作項目2項、國家級自然科學基金19項，北京市自然科學基金11項，教育部項目2項、北京市教委項目17項，另有中科院開放課題、橫向課題、校級基礎臨床課題、首醫發展基金項目、校長基金項目等幾十項，總資助額近2000萬元。學院共發表SCI/EI/ISTP收錄文章158篇，核心期刊文章178篇。獲國家專利10項，軟件著作權47項。
學院堅持引進與培養相結合，以培養為主的人才戰略，不斷優化教育隊伍結構，堅持把師德建設放在首要位置，以改善結構和提升素質為目標，以吸引、培養、用好為著力點，提高教師培訓針對性和實效性，努力構筑人才高地。學院注重合作交流，組織國內外專家高水平的學術報告，從外派訪問學者到短期進修，從參加高端會議到出訪交流，為學院教師開闊眼界，提高自身素質水平，提供了良好的保障。
首都醫科大學生物醫學工程學院已培養了千余名畢業生，他們基礎扎實、知識面廣、適應能力強，有良好的醫學背景和醫學應用能力，得到了用人單位的好評。學院已經成為我國生物醫學工程高級人才培養的重要基地，是我國生物醫學工程學科發展與建設的重要力量。學院將立足首都，服務全國，面向世界，為建成“國內一流、國際知名”的生物醫學工程學科而不斷努力。
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