化學生物學與藥學院成立于2004年2月25日。2004年3月12日揭牌。
學院在化學生物學與藥學院的牌子下履行本科生和研究生教學功能，在首都醫科大學藥物研究所的牌子下履行新藥研究功能。啟動了一支隊伍兩種功能的運作模式。
按照現代藥學的學科規范，學院設立了藥物化學系、新藥藥理學系、藥劑學系、化學生物學系、天然藥物學系、臨床藥學系和藥學實驗教學中心。其中藥物化學學科、新藥藥理學科是北京市重點學科，藥劑學學科、藥物分析學學科是北京市重點建設學科，藥學實驗教學中心是北京市實驗教學示范中心。
建設一支素質好的師資隊伍既是學院的近期目標，又是學院的長期目標。師資隊伍建設統籌考慮人品、學術、學位、年齡和學科五個因素，按照研究教學型藥學院的發展思路，學院教職員將控制在90人以內，學院現有教職員52人，其中正高級職稱9人，占總人數的17.3%；副高級職稱13人，占總人數的25%；博士生導師5人，占總人數的9.6%；碩士生導師15人，占總人數的28.8%；36人具有博士學位，占總人數的69.2%。
目前學院在讀本科生、碩士研究生、博士研究生總計300余人，按照研究教學型學院的發展思路，我院的本科教育主要為制藥企業和社會藥房培養普通職員、為大學和研究院所輸送碩士研究生。碩士生教育主要為制藥企業培養中級職員、為大學和研究院所輸送博士研究生。2011年以來，學院本科生、研究生就業率均為100%，連續三年被評為學校就業工作先進集體。
化學生物學與藥學院在學校的統一規劃下采用了醫學+生物學+化學的辦學模式，在理科性、應用性和職業性一體化的辦學理念的指導下，學院以系為建制進行學科融合，按一級學科設課的寬口徑培養，實施低年級學生導師制，在強調基礎性、綜合性、設計性和先進性的前提下，培養創新能力。使畢業生在就業競爭中處于領先位置，為今后持續發展打好基礎。特色的辦學理念使學院畢業生在就業競爭中處于領先位置，并為今后持續發展打好基礎，多年來就業率均達100%，近一半的本科生成功考研，選擇繼續深造。獲北京市教育教學成果二等獎1項。
建設一流學科是創建一流化學生物學與藥學院的基石。學院在學科建設中采取重點發展以優勢學科帶頭人為支撐的優勢學科、優先扶持新興學科的學科建設策略。著力在國外知名雜志上發表學術論文及申請國家發明專利，是學院科研的主導思路。2004年至2013年獲國家973項目1項，“十一五”重大新藥創制子課題2項，參與“十二五”重大新藥創制1項，國家自然科學基金32項，北京市自然科學基金17項，共發表國際SCI論文155篇（4篇被選為封面文章），申請發明專利249項（授權121項），獲北京市科學技術進步二等獎1項。2004年至今，學院的人均科研產出一直排在學校的第1位。建立了“多肽及小分子藥物”北京市重點實驗室，獲批建設教育部“內源式預防藥物教育部工程研究中心”。
目前，學院正著力構建科學目標與產品目標兼顧、中西藥研究并重、基礎研究與應用研究有機結合的科研格局。今后將重點針對心腦血管疾病、腫瘤及老年性疾病等三大疾病，大力發展新藥研究體系。
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