安徽中醫藥大學醫藥信息工程學院成立于2002年4月。是在全國中醫藥院校中，較早開辦中醫藥與現代信息技術相結合的、富有特色的本科專業。2012年安徽省中醫藥科學院成立，其中，安徽省計算機中醫應用研究所下設我學院。
學院現有信息管理與信息系統、計算機科學與技術（醫藥軟件開發方向）、計算機科學與技術（2+2中韓校際交流）、計算機科學與技術（信息系統工程監理方向）和生物醫學工程5個全日制本科專業（方向），著重培養具備中醫藥背景知識的醫藥信息技術、醫藥信息管理和醫藥軟件開發等能力，具有創新精神的跨學科高級復合型人才。我院“2+2”中韓合作辦學模式，已成為我校開展國際交流合作辦學的示范性窗口，極大地提升了我校的知名度和美譽度；“3+1”校企合作辦學模式為學生提供了實習、實訓平臺，增強了學生實踐動手能力，極大地提高了學生的就業質量。
學院現設計算機基礎、信息資源管理、信息系統設計、中醫藥信息學、生物醫學工程、數學與物理、軟件工程、網絡技術與應用等8個教研室和1個計算機與信息實驗教學研究中心。現有教職工61人，其中教授1人，副教授11人，博士3人，博士在讀3人，碩士學歷人數達100%。
學院重視學科建設，中醫藥信息學2012年被遴選為國家中醫藥管理局重點學科，學院獲中醫藥信息學碩士學位授權及免試推薦攻讀碩士研究生單位。
學院一貫重視學生的能力培養，我院學生獲2010年安徽省大學生“煒煌”杯單片機大賽一等獎1項、安徽省大學生“凌翔”杯機器人大賽二等獎2項；2011年安徽省大學生“煒煌”杯單片機大賽三等獎1項、全國大學生“飛思卡爾”杯智能車競賽（安徽賽區）二等獎2項，三等獎1項；2012年全國大學生“飛思卡爾”杯智能車競賽（安徽賽區）二等獎1項，三等獎1項、安徽省大學生信息技術大賽二等獎1項；2013年全國學生“飛思卡爾”杯智能車競賽（安徽區）二等獎2項。
學院目前承擔各類省級教學、科研課題近20項，校級教學、科研課題40余項。
目前，學院現有全日制在校生1000余人。建院十多年來，培養了一大批社會需求、用人單位所認可的，具有遠大志向、有良好思想品德、社會公德和職業道德的優秀人才。畢業生就業率，連續多年都在98%以上。
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