安徽中醫學院藥學院前身是1972年安徽醫學院開設的藥學班，1974年建系，1976年從安徽醫學院分出，成立安徽中醫學院藥學系，2004年1月成立藥學院，是全國高等中醫藥院校中藥學類專業較為齊全、師資力量和學術水平較強的藥學院(系)之一。目前已為國家培養藥學人才7000余人，現在校學生近2000人。
現有教職工110余人，教授16人，副教授35人，有博士學位教師22人，碩士生導師34人，博士生導師2人?，F有藥學、中藥學、制藥工程、藥物制劑等4個本科專業（方向），藥物分析與檢驗1個專科專業。2011年新獲準4個碩士學位授權點，現有中藥學、藥學一級學科碩士點以及生藥學等7個二級學科碩士點；2008年獲得免試推薦碩士生資格；2009年獲準博士學位授權立項建設單位。
藥學院設有藥用基礎化學、數理、藥物分析、中藥化學、藥物化學與制藥工程、藥劑學、中藥藥理學、藥事管理與臨床藥學、中藥與中藥資源學等9個教研室及實驗教學中心、中藥標本中心、藥用植物園。擁有1個國家中醫藥管理局重點學科及4個重點學科協作建設單位，1個省級重點學科，1個省級基礎課實驗教學示范中心，2個省級重點實驗室，3個省級工程研究中心，與企業共建省級工程技術研究中心7個。中藥學教學團隊為國家級教學團隊，擁有3個省級115創新團隊，中藥學、藥學專業為國家教育部特色專業。
藥學院積極推行院級教學體制改革，學院教師承擔省級質量工程項目13項、校級質量工程項目24項，發表教學改革相關論文33篇，獲國家級教學成果二等獎1項，省級教學成果獎10項，中藥藥理學、藥用植物學、藥劑學被評為省級精品課程；重視實踐教學環節，確定黃山和亳州兩大專業課程見習基地，建立了省內外40余家生產實習和畢業實習基地。畢業生遍及省內外醫藥行業并成為重要骨干力量，連續5年畢業生一次性就業率均達95%以上。
作為我省藥學研究的最重要基地，藥學院在科學研究與產學研結合方面形成了一大批標志性成果。先后承擔各級各類課題200余項；積極開展產學研活動，建有30余個產學研合作基地；獲國家、安徽省科技進步獎40余項；申請發明專利70余項；編寫專著、教材60余部；發表學術論文700余篇，其中SCI收錄53篇。成為具有一定實力的藥學科研單位。
“科學發展，提高質量”是藥學院工作的主題，全院廣大師生員工正以飽滿的熱情、昂揚的斗志，為把藥學院建設成為特色明顯的教學研究學院而努力奮斗著。
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