中西醫結合臨床學院前身是安徽中醫學院基礎部，1993年10月成立中西醫結合系。2004年11月，為適應學校建設和學科發展的需要，中西醫結合系更名為“中西醫結合臨床學院”。我院現有人體解剖學、組胚與生物學、生理學、病理學、藥理學、生物化學與分子生物學、微生物與免疫學、寄生蟲學、全科醫學基礎等9個學科教研室和1個實驗教學中心——基礎醫學實驗教學中心，1個臨床檢驗中心。擁有中西醫結合基礎碩士學位授權點，中西醫臨床醫學和中西醫臨床醫學（全科醫學方向）2個本科專業。2002年學校成立安徽中醫學院中西醫結合研究所，下設4個研究室，為安徽省中醫藥科學院的重要組成部分。現有教職工86人，其中，高級職稱35人；博士學位18人，碩士學位以上45人；安徽省優秀中青年骨干教師2人，省級教學名師1人，校教學名師2人，校優秀中青年骨干教師2人，校教學精英2人，校教壇新秀3人。近5年承擔國家自然科學基金、安徽省自然科學基金等廳級科研課題68項，教學研究課題10項。主編副主編全國規劃教材8部，參編教材42部，獲安徽省教學成果三等獎3項。
中西醫結合臨床學院堅持以科學發展觀為統領，走可持續發展之路。秉承“學貫中西，大醫精誠”的理念，以學科建設為主線，以教學為中心，以教師為主體，以生為本，注重質量工程建設，不斷加強制度建設、隊伍建設和內涵建設。我院的人體解剖學、生理學、藥理學3門課程為省級精品課程，機能實驗教學中心為安徽省首批高校基礎課實驗教學示范中心；2008年中西醫結合基礎學科被確定為省級重點學科，中西醫臨床醫學專業被批準為安徽省省級特色專業；2009年中西醫結合學科作為安徽中醫學院博士學位授權建設學科的支撐學科立項建設；2010年中西醫臨床醫學專業被批準為教育部特色專業，中西醫結合學科獲一級學科碩士學位授權。多年來，學院為社會培養了一大批中西醫結合應用型人才，對社會進步和提高人類健康水平等作出了積極貢獻。
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