甘肅中醫學院藏醫學院是省內唯一一所以藏醫藥學科為主，培養藏醫藥高等衛生技術人才的教育單位，1989年，經甘肅省教育廳批準在甘肅中醫學院設立藏醫系，由于藏醫教育的特殊性，經當時甘南州政府與省教育廳、甘肅中醫學院共同研究決定在甘南州衛生學校開辦甘肅中醫學院藏醫系，2000年經教育部備案批準在甘肅中醫學院設置藏醫學專業五年制本科教育，2001年藏醫系由專科升格為本科并擴大為藏醫學院，屬甘肅中醫學院的一個二級學院。學院專業特色明顯，教學科研實力較強。多年來，在甘肅中醫學院黨委的正確領導下，在全院各有關部門的大力支持下，在全體教職工的共同努力下，我院教學、科研及管理工作得到了長足的發展。到目前為止，藏醫系與藏醫學院已為社會培養、輸送藏醫專本科人才624人，他們分布在我省及四川、青海等周邊藏區，全省所有藏醫院中藏醫學院畢業生占到95%以上，管理者也均為我院藏醫學院的畢業生，為民族地區醫藥衛生事業的發展發揮著重要作用。
藏醫學院位于甘南州合作市，占地73.9畝，總建筑面積15893平方米，現有固定資產1420余萬元；有在職職工48人，專任教師47人，其中高級講師13人，講師20人，甘肅中醫學院兼職副教授11名、兼職講師17名、兼職實驗師2名，另外聘請客座教授9人。專任教師中藏醫藥專業人員18名，學歷均在本科以上。具有教授、副教授職稱的教師占27%。35歲以下人員占29%，35-55歲之間占69%，55歲以上占2%。畢業于本校的教師共12名，占25%，來源于外院的教師共36名，占75%。專業教師隊伍結構基本合理，高學歷、高職稱教師都在教學第一線任教，符合主講教師崗位資格的教師占專任教師的70%。目前，教學計劃內的課程開出率為100%，高職稱教師承擔重要的專業基礎和專業必修課程21%以上的教學工作。參加崗位培訓合格的教師100%，滿足本科課程教學與畢業論文指導的需要；內設辦公室、教務科、總務科、學生科（招生與就業指導辦公室）、醫學教育研究室（教學督導與評估辦公室）、信息管理中心等6個職能科室和藏醫臨床、藏醫基礎、藏藥、西醫臨床、西醫基礎、公共等6個學科組；藏書6萬余冊，訂閱各類報刊320種；配備藏藥標本、藏藥炮制、解剖、藥化、外婦、內兒、中心、基護、病理、口腔等10個實驗室及2個計算機室、1個電子閱覽室、5個多媒體教室、2個閱覽室、1個語音教室和1個圖書館，開通了國際互聯。
藏醫學院目前共開設5個專業，其中普通高等專業有藏醫學本科、藏藥學專科、藏醫學專科（藏西醫臨床方向）等3個；成人高等專業有藏醫學專科及專升本2個。藏醫學專業具有學士及碩士學位授予權。有教學班8個，在校學生324人（不含培訓班人數），其中本科192人，占在校學生的59.3%；專科132人，占在校學生的40.7%，本科每年計劃招生50人。由我院教師主編和參編的中等醫學統編教材6種，出版藏醫學專科自編教材17種，編寫完成“面向21世紀藏醫學本科教材”3種，承擔編譯“面向新世紀課程系列教材”3種，與青海醫學院聯合編寫藏藥本科教材7種，出版專著5部，近五年來，在國家級、省級刊物發表教研論文200余篇。
藏醫學院師資力量完備，教學設備齊全，承擔著本院及甘南衛校各專業、各層次共計40多個班級各科課程的教學任務與臨床實踐指導任務。學院藏醫高等教育堅持“立足甘肅，面向社會，服務藏區，甘肅一流，培養具有較高學歷的應用型藏醫藥人才”的辦學定位，繼續教育堅持“以提高我省及周邊藏區基層衛生專業技術人員執業能力和學歷層次”的辦學定位，堅持德育為首，以教育教學為中心，以隊伍建設為重點，以科學管理為保證，突出特色，提高辦學層次和質量，擴大辦學規模，加大基礎設施建設力度。經過18年的建設與發展，我院已初步形成了以藏醫藥普通高等醫學教育為基礎，藏醫學成人高等教育為補充，藏醫、藏藥并重，藏西醫結合、普教、成教、培訓協同發展的辦學格局。全院現有全國、全省名藏醫各1人，全國優秀教師1人，擔任全國和甘肅省藏醫學學會和醫學會、預防醫學會的重要負責人的教師5人。
現有專兼任教師中，有全國著名藏醫藥學專家旦科、圖布旦、楞本加等學術帶頭人。近年來全院在教學、科研諸方面均取得了較好成績，為學院贏得良好的聲譽。
多年來我院本著加強學科建設、提高學術水平、積極推動教學改革和建設、努力提高人才培養質量的宗旨，進一步強化教師的主導作用，突出學生的主體地位，圍繞學生的人性需求，關注學生的個性發展、多元化發展，發奮圖強，勵精圖治，努力提高教學質量和辦學效益，力爭把藏醫學院建設成為全國藏醫藥高等院校中有一定知名度和影響力的學院。
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