甘肅中醫學院藥學系始建于1985年。經過近三十年的建設，由最初的“中藥學”專科專業發展為中藥學、藥物制劑、中草藥栽培與鑒定三個本科專業，其中“中草藥栽培與鑒定”專業為全國首次申報的教育部目錄外專業，并于2008年成為國家特色專業建設點；2011年7月“藥物制劑”專業又成為甘肅省高等學校特色專業建設點。中藥學一級學科2004年批準為碩士學位授權點，2009年2月列為博士學位授權建設學科，2010年12月國家教育部批準新增中藥學一級學科為專業碩士學位培養單位。
藥學系現有中藥學教研室、藥理學教研室、中藥炮制學教研室、中藥藥劑學教研室、中藥化學教研室、中藥鑒定學教研室、中藥資源學教研室、藥用植物栽培8個教研室和藥學、生藥學2個綜合實驗室。“中藥鑒定學”為國家中醫藥管理局重點學科。“中藥鑒定學”、“中藥化學”為院級重點學科。“中藥學” 、“中藥化學”、“中藥鑒定學”為省級精品課程，“藥用植物學”、 “藥用植物栽培學”、“中藥藥劑學”、“中藥藥理學”為院級精品課程。
藥學系擁有一支梯隊合理、教學經驗豐富的高素質的師資隊伍，碩士及以上學歷教師達到65％以上，為高質量的人才培養提供了有力保障。
藥學系將會進一步加大改革力度，提高教育教學質量，不斷培養適應社會需求的高水平專業人才。
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