畜牧獸醫系創建于1960年，是學院的傳統優勢專業。根據現代畜牧業發展對人才的需求，進行了以職業能力培養為目標的“農業職業教育能力體系”改革，獲得農業部教育教學改革成果一等獎，是北京農業職業學院的主干教學系部之一。分為高職和中專兩個辦學層次，設置畜牧獸醫、動物醫學、獸醫獸藥、寵物養護與疫病防治、實驗動物技術專業5個專業。其中畜牧獸醫專業是國家教育部“高校高職高專專業教育教學改革”試點單位，北京市“現代化標志專業”、“骨干特色專業”、“國家級示范性建設專業”。
畜牧獸醫系師資力量雄厚。目前有教職員工54名，其中教授4名，推廣教授3名，副教授15名，博士后1名、博士研究生4名、碩士研究生32名。5名教師被畜牧獸醫類行業選為理事，雙師型教師35名。李玉冰主講的《動物疾病診療技術》獲國家級精品課程。張孝和主講的《養禽與禽病防治》課程、李志主講的《寵物疾病診治》課程獲北京市級精品課程。有11名教師擔任了教育部、農業部21世紀國家高職高專規劃教材的主編或編者，其中李志主編的《寵物疾病診治》高職教材被評為北京市精品教材。李玉冰主編的《動物疾病診療技術》，楊久仙主編的《動物營養與飼料加工》獲得了2007年度全國高等農業職業教育精品教材。楊久仙獲發明專利2項，外觀設計專利4項。近年來專業教師在國家級學術刊物上發表了專業學術論文500多篇，出版專業學術著作90多種，多數專業教師現在擔任著行業或企業的技術廠長或技術顧問。
畜牧獸醫系具有精良的體現職業教育特色的實習實訓條件。擁有畜牧獸醫類實驗室35個，液相色譜儀、氣相色譜儀、PCR檢測儀、傅立葉紅外線檢測儀、全自動定氮儀等畜牧獸醫、動物醫學和分析化驗精良設備，在滿足教育教學、實訓和科研的同時，面向社會生產、技術和科研服務。畜牧獸醫系擁有目前華北地區規模最大的種雞廠、動物品種多樣的綜合畜牧場、動物醫院、動物胚胎移植應用技術中心、現代化種禽繁育中心、動物醫院、寵物馴養中心和獸藥生產與檢測實驗室等校內實訓基地，擁有三元綠荷、北京獸醫生物獸藥廠、北京愛牧家動物醫院等門類齊全而穩定充足的動物醫學、養殖業等實訓基地，完全滿足師生實踐教學、科學研究和對農民進行專業技術培訓需要。
畜牧獸醫系目前在校有全日制大中專學生645名，專業學生通過專業和實踐鍛煉學習，都具有扎實的專業知識和崗位技能。由于畜牧獸醫系各專業培養的學生綜合素質高、實踐能力強，“下得去、留得住、用得上”，深受社會用人單位喜愛，一直保持著很高的畢業生就業率。
畜牧獸醫系以“創一流”為目標，積極實踐學院“開門、開放、開發”辦學宗旨，“教育為社會服務，教學為求學者服務”，團結、奮斗，開拓、進取、創新，積極適應北京經濟發展需要，面向生產、服務、管理第一線，致力培養中高級技術型應用型畜牧獸醫類專門人才。
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