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“三證合一”之后，稅務機關在管理上面臨著很多細節問題需要一一解決。作為先行先試地區的遼寧、浙江和江西等地稅務機關總結了“三證合一”試運行中顯露的問題，并提出解決方案。

分支機構信息不全怎么辦?

遼寧省國稅局的李長偉、本報記者王紅兵反映，新辦理“三證合一”的企業分支機構在辦理完工商部門的相關業務后，相關信息在傳入國稅、地稅機關的過程中，無法確認該企業的企業所得稅主管稅務機關。他們建議，在企業提供資料中或在信息采集表中，應提供或填寫總機構的企業所得稅所屬稅務機關情況，以便核定稅種時確定企業所得稅的管理機關，避免出現漏管現象。

部分企業不做備案怎么辦?

遼寧省國稅局的李長偉、本報記者王紅兵反映，“三證合一”后，存在部分企業不到稅務機關進行備案的情況。他們建議，在推行“三證合一”的工作中，應加強部門間的配合，及時做好相關資料的整合補充和修訂。例如，適度增加行政部門內部的文書傳遞等。

傳輸技術不成熟怎么辦?

浙江省常山縣國稅局的曾水華反映，目前傳輸技術不太成熟，需內外網雙線運行傳輸數據，以致各登記部門工作量不降反升。他建議，統一設置工商登記信息采集表。將稅務、工商、質監、社保等部門需要企業提供的相關信息，由企業辦理營業執照時一次性提供，工商統一接收、審核、掃描紙質資料，取消稅務、質監、社保再審核環節，以提高辦證速度和工作效率。只要確保企業登記的聯系方式正確，各相關部門遇有疑問或需補充、更新相關登記信息時，可以聯系企業進行確認和補正。

電子檔案管理薄弱怎么辦?

浙江省常山縣國稅局的曾水華反映，實現“三證合一”后，稅務機關不再收取企業紙質登記資料，全面接收工商掃描的電子登記資料。因此，加強電子檔案管理被提上重要議事日程。保管電子檔案可方便查詢和使用，但對電子檔案管理工作的要求提高，需提升檔案人員整體素質。

企業登記信息識別難怎么辦?

江西省宜春市地稅局的伍青蓮、喻高松反映，工商登記制度改革放寬和簡化了對住所及注冊資本登記等方面的管理要求，但給稅務登記信息的完整性和真實性帶來影響。他們建議，一是信息互換溝通應到位，把好市場主體準入資料關。這方面，工商窗口能否把好資料審核關對稅務機關的后續管理至為重要。同時，稅務機關應梳理出需要納稅人提供的涉稅資料，如公司章程、投資股東構成及投資比例等。二是后續明責梳理應及時，把住企業登記關。“三證合一”對稅務機關后續管理提出新要求，必須盡快調整優化征管流程。例如，應明確納稅服務分局、各管理分局和市局征管科室的職責。宜春市地稅局實行了先實地核查再確定是否審核通過的工作機制，及時識別了一些虛假登記行為，并提請工商部門吊銷營業執照，在一定程度上控制了虛假登記戶和零申報戶的增長。