注：以下博士計劃不含少數民族高層次骨干人才計劃、對口支援西部地區高校專項計劃、定向新疆高校培養博士學歷師資計劃和國家級2011協同創新中心計劃。實際計劃以2017年教育部下達的計劃為準。在復試錄取階段，我校將視生源狀況等情況對各院系的招生計劃做出適當調整。
| 序 | 學院（研究院） | 2017年普通計劃 | 備注 |
| 1 | 人文學院 | 35 | |
| 2 | 新聞傳播學院 | 6 | |
| 3 | 外文學院 | 6 | |
| 4 | 南洋研究院 | 4 | |
| 5 | 臺灣研究院 | 12 | |
| 6 | 經濟學院 | 44 | |
| 7 | 管理學院 | 38 | 含管理科學系能源政策與管理方向計劃8名 |
| 8 | 法學院 | 20 | |
| 9 | 公共事務學院 | 10 | |
| 10 | 馬克思主義學院 | 6 | |
| 11 | 教育研究院 | 22 | 含高等教育協同中心計劃5名 |
| 12 | 王亞南經濟研究院 | 8 | |
| 13 | 財務管理會計研究院 | 3 | |
| 14 | 知識產權研究院 | 2 | |
| 15 | 公共政策研究院 | 2 | |
| 16 | 南海研究院 | 2 | |
| 17 | 數學科學學院 | 26 | |
| 18 | 物理科學與技術學院 | 30 | |
| 19 | 航空航天學院 | 20 | |
| 20 | 化學化工學院 | 105 | |
| 21 | 材料學院 | 20 | |
| 22 | 海洋與地球學院 | 52 | |
| 23 | 環境與生態學院 | 23 | |
| 24 | 海洋與海岸帶研究院 | 3 | |
| 25 | 信息科學與技術學院 | 21 | |
| 26 | 軟件學院 | 5 | |
| 27 | 建筑與土木工程學院 | 3 | |
| 28 | 能源學院 | 9 | |
| 29 | 薩本棟微納米研究院 | 5 | |
| 30 | 生命科學學院 | 63 | 含細胞信號網絡協同中心計劃5名 |
| 31 | 醫學院 | 37 | |
| 32 | 公共衛生學院 | 17 | |
| 33 | 藥學院 | 12 |
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