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其病因尚未完全闡明，目前有下列學說。
1.子宮內膜種植學說經血中的子宮內膜細胞隨經血經輸卵管流入腹腔，種植在卵巢和鄰近的盆腔腹膜。
2.淋巴及靜脈播散學說子宮內膜細胞可通過淋巴或靜脈轉移種植。
3.體腔上皮化生學說卵巢激素或經血及慢性炎癥的反復刺激，可將體腔上皮激活轉化為子宮內膜樣組織。
4.誘導學說未分化的腹膜組織在內源性生物化學因素誘導下發展成子宮內膜組織。
5.遺傳學說子宮內膜異位癥可通過多基因或多因素遺傳。
6.免疫調節學說子宮內膜異位癥病人的IgG及抗子宮內膜抗體明顯增加，具有自身免疫性疾病的特征。
7.其他因素子宮內膜異位癥病人腹腔液血管生成因子增多，導致異位內膜種植和生長等。
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