通過檢測病原體遺傳物質來確認病原體也許是檢查病原體為直接的方法了。目前比較成熟的技術包括基因探針技術和PCR技術。
(一)基因探針技術
用標記物標記細菌染色體或質粒DNA上的特異性片段制備成細菌探針，待檢標本經過短時間培養后，經過點膜、裂解變性、預雜交和雜交后，利用探針上標記物發出的信號可以知道雜交結果并判斷病原體的性質。基因探針技術操作比較復雜，加之同位素污染等問題，目前尚不能普及應用。近年來發展起來的地高辛標記的非同位素探針，從探針標記到雜交都很方便，只是價格昂貴，仍限于科研應用，尚不能普及。
(二)PCR技術
這是八十年代末發展起來的一項極有應用價值的技術，設計病原體基因的特異引物，細菌標本(不經培養)經過簡單裂解、變性后，就可在PCR儀上進行擴增反應，經過25～30個循環，通過瓊脂糖電泳即可觀察擴增結果，檢出病原體。這種技術的特點是簡便、快速。它尤其適于那些培養時間較長的病原菌的檢查，如結核桿菌、支原體等。PCR高度的敏感性使該技術在病原體診斷過程中極易出現假陽性，避免污染是提高PCR診斷準確性的關鍵環節。
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