干細胞可以從供體的骨髓或外周血中采集。如果是做自體移植，那么將對您本人預先進行干細胞動員和采集并保存。 1）收集骨髓：用細針從供體髂骨部位抽取骨髓，這些富含干細胞的骨髓將被貯存起來以備移植。
采集過程中，供體處于麻醉狀態下，不會感到痛苦。這種方法已基本不采用。 2）采集外周血干細胞：外周血中也存在干細胞，但數量相對較少，需要用一些細胞因子如粒細胞集落刺激因子（G-CSF）等藥物來增加外周血中干細胞的數量。當干細胞數量足夠多后，就可以通過血細胞分離術進行采集。
血液通過血細胞分離機分離后，干細胞被分離出來，而其余血液回輸給供體。采集到的干細胞也將貯存到移植時。一次分離需要3－4小時，為了采集到足夠數量的干細胞，通常需要進行1－3次分離術。
外周血細胞分離采集術是相當安全的，使用的是一次性全封閉管道，不會造成任何感染，且此法適用于年齡較小的供體或其他不能經受骨髓采集的人。
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