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（1）gag基因

能編碼約500個氨基酸組成的聚合前體蛋白（P55），經蛋白酶水解形成p17、p24 及p15三種蛋白，位于外層的是內膜蛋白，內層是衣殼蛋白，衣殼蛋白的特異性最高，與其他多種反轉錄病毒無抗原性關系，p15繼續分解成p7和p9，其中 p7為核衣殼蛋白，富含堿性氨基酸，在病毒從宿主細胞出芽釋放時，它與病毒RNA結合而進入病毒顆粒，使RNA不受外界核酸酶破壞。

（2）pol基因

編碼聚合酶前體蛋白，經切割形成蛋白酶、整合酶、反轉錄酶、核酸內切酶，均與病毒增殖復制有關。

（3）env基因

編碼約863個氨基酸的前體蛋白并糖基化成gp160，產生包膜糖蛋白，包括gp120和gp41.gp120的肽鏈有些區域（V1-V5）的氨基酸序列呈高度易變性，其高變區的V3肽段含有病毒體與中和抗體結合的位點，HIV病毒在gp120V3環上有中和抗原表位，在病毒與細胞融合中起重要作用。恒定區包括C1-C4，其中C4肽段是病毒體與宿主細胞表面的CD4分子結合的部位。gp120與跨膜蛋白gp41以非共價鍵相連。gp41的疏水性氨基末端，具有介導病毒包膜與宿主細胞膜融合，促使病毒進入靶細胞內的作用。實驗表明，gp41有較強抗原性，能誘導產生抗體反應。

（4）LTR

是病毒基因組兩端重復的一段核苷酸序列，含有起始子、增強子及多個與病毒和細胞調節蛋白反應的區域，它們對病毒基因組轉錄的調控起關鍵作用，其順式調控序列，控制前病毒基因的表達。

（5）調節基因

tat 基因編碼蛋白可與LTR結合，促進病毒所有基因的轉錄，也能在轉錄后促進病毒mRNA的翻譯。聊基因產物是一種順式激活因子，能對env和gag中順式作用抑制序去抑制作用，增強pol、env和gag基因的表達，以合成相應的病毒結構蛋白。nef基因編碼負調節蛋白對HIV基因的表達有負調控作用，以推遲病毒復制。該蛋白作用于HIVCDMA的LTR，抑制整合的病毒轉錄。是HIV在體內維持持續感染所必需。vpu基因對HIV-I并非必不可少，但可能影響游離HW感染性、病毒體的產生和體內擴散。vpu基因為HIV-I所特有，對HIV的有效復制及病毒體的裝配與成熟是必需的。vpr基因編碼蛋白是一種弱的轉錄激活物，在體內繁殖周期中起一定作用。

HIV-2基因結構與HIV-1有差別：它不含vpu基因，但有一功能不明的vpx基因。核酸雜交法檢查HIV-2與HIV-1的核苷酸序列，僅40%相同。env基因表達產物激發機體產生的抗體無交叉反應。