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細菌的分解代謝產物因各種細菌具備的酶不完全相同，而有所差異。各代謝產物可通過生化試驗的方法檢測，通常稱為細菌的生化的反應。

1.糖代謝測定

（1）糖發酵試驗：細菌對各種糖的分解能力及代謝產物不同，可借以鑒別細菌。一般非致病菌能發酵多種單糖，如大腸桿菌能分解葡萄糖有乳糖，產生甲酸等產物，并有甲酸解氫酶，可將其分解為CO2和H2，故生化反應結果為產酸產氣，以“⊕”表示。傷寒桿菌分解葡萄糖產酸，但無解氫酶。故生化結果為產酸不產氣，以“+”表示。傷寒桿菌及一般致病菌大都不能分解乳糖，以“-”表示。

（2）VP試驗：大腸桿菌與產氣桿菌均分解葡萄糖⊕，為區分兩菌可采用VP試驗及甲基紅試驗。產氣桿菌能使丙酮酸脫羧、氧化（在堿性溶液中）生成二乙酰，后者可與含胍基的化合物反應，生成紅色化合物，稱VP陽性。大腸桿菌分解葡萄糖產生丙酮酸，VP陰性。

（3）甲基紅試驗：產氣桿菌使丙酮酸脫羧后形成中性產物，培養液pH＞5.4，甲基紅指示劑呈桔黃色，為甲基紅試驗陰性，大腸桿菌分解葡萄糖產生丙酮酸，培養液呈酸性pH＜5.4，指示劑甲基紅呈紅色，稱甲基紅試驗陽性。

（4）枸櫞酸鹽利用試驗：能利用枸櫞酸鹽作為唯一碳源的細菌如產氣桿菌，分解枸櫞酸鹽生成碳酸鹽，同時分解培養基的銨鹽生成氨，由此使培養基變為堿性，使指示劑溴麝香草酚藍（BTB）由淡綠轉為深藍，此為枸櫞酸鹽利用試驗陽性。

2.蛋白質代謝測定

（1）吲哚試驗：含有色氨酸酶的細菌（如大腸桿菌、變形桿菌等）可分解色氨酸生成吲哚，若加入二甲基氨基苯甲醛，與吲哚結合，形成玫瑰吲哚，呈紅色，稱吲哚試驗陽性。

（2）硫化氫試驗：變形桿菌、乙型副傷寒桿菌等能分解含硫氨基酸如胱氨酸、甲硫氨酸等，生成硫化氫。在有醋酸鉛或硫酸亞鐵存在時，則生成黑色硫化鉛或硫化亞鐵，可借以鑒別細菌。

3.尿素分解試驗

變形桿菌具有尿素酶，可分解尿素產生氨，培養基呈堿性，以酚紅為指示劑檢測呈紅色，由此區別于沙門氏菌。

吲哚（I）、甲基紅（M）、VP（V）、枸櫞酸鹽利用（C）四種試驗，常用于鑒定腸道桿菌，合稱之為IMViC試驗。大腸桿菌呈“++——”，產氣桿菌為“——++”。

氣相、液相色譜法通過對細菌分解代謝產物中揮發性或不揮發性有機酸和醇類的檢測，可準確、快速地確定細菌的種類，是目前進行細菌生化鑒定的高新技術。