(一)組織構造
在顯微鏡下觀察根莖的組織構造，可根據中柱和維管束的類型、排列形式，區分蕨類植物、雙子葉植物或單子葉植物的根莖。
1．雙子葉植物根莖 一般均具次生構造。最外常有木栓層，少數為表皮。如木栓形成層發生在皮層外方，則初生皮層仍然存在，如黃連等；多數根莖僅由栓內層細胞構成次生皮層，皮層中有時可見根跡維管束。內皮層多不明顯。中柱外方部位有的具厚壁組織，如纖維和石細胞群，常排成不連續的環。維管束大多為無限外韌型，少數為雙韌型，多呈環狀排列，束間被射線分隔。中央有髓部。
2．單子葉植物根莖
3．蕨類植物根莖
(二)粉末特征
(三)顯微鑒別注意點
1．分泌組織
2．機械組織
3．后含物
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